Несмотря на небольшую площадь Анапского курортного региона, на его территории найдено большое количество минеральных вод внутреннего и наружного применения. Минеральные воды – это природные подземные (реже поверхностные) воды с повышенным содержанием биологически активных минеральных (реже – органических) компонентов и газов со специфическими физико-химическими свойствами, благодаря которым они оказывают лечебное действие на человеческий организм.

Уникальны по своему составу питьевые лечебно-столовые воды Семигорского месторождения, которое расположено в 25 км восточнее г. Анапы в предгорьях Маркотхского хребта. В 1901 г. горным инженером В. И. Винда был обследован самый крупный родник, названный именем святого Владимира. Местное население издавна использовало целебную воду в качестве лекарства, но эксплуатация этого источника началось только в 1905 г. Сначала продавали воду в бутылках, а в 1913 г. в Семигорье по инициативе доктора В. А. Будзинского был открыт санаторий. Во время войны санаторий был разрушен. В настоящее время Семигорские воды завозятся в Анапу и после газирования углекислотой доставляются в общекурортный бювет и в здравницы для лечебных процедур. Семигорская вода является хлоридно-гидрокарбонатно-натриевой с повышенным содержанием бора, йода (что особенно важно для людей, проживающих в йододефицитных регионах), высоким газосодержанием (азотно-углекисло-метановая) и средней минерализацией, по ионному составу она близка к минеральной воде «Ессентуки № 17», только с низким содержанием углекислоты; разливается в бутылки под названием «Семигорская № 6».

Раевское месторождение расположено в 7 км к юго-западу от Семигорья. Вода хлоридно-гидрокарбонатная натриевая йодная, слабощелочная, холодная (12 °С), характеризуется высоким газосодержанием (смесь газов метана, азота и углекислоты). По составу она схожа с водой Семигорского месторождения, но отличается от нее относительно низкой минерализацией и небольшим содержанием борной кислоты. Эта вода может использоваться как лечебная и как столовая. Разливается в бутылки под названием «Семигорская №1».

Минеральные воды заказника Большой Утриш близки по составу водам Раевского месторождения, отличаются более высоким содержанием углекислоты и также рекомендованы для лечения.

В 1975 г. в центре Анапы были разведаны новые минеральные источники. Воды Анапского месторождения добываются с глубины 350 м. Они выведены на поверхность недалеко от Малой бухты, где для этих целей построен бювет. Еще одно месторождение находится в Парке 30-летия Победы, недалеко от стадиона. Минеральная вода «Анапская» относится к лечебно-столовым, имеет незначительное содержание азота, малую минерализацию, является гидрокарбонатно-хлоридно-сульфатной, малощелочной, относится к холодным – температура на выходе 14–16°С.

Из-за присутствия сульфатных солей анапские минеральные воды эффективны для больных с воспалительными процессами желудочно-кишечного тракта и желчевыводящей системы, по своему действию они сходны с Феодосийскими, Миргородскими, Угличскими.

Джеметинское месторождение расположено северо-западнее Анапы, эксплуатируется с 1988 г. Вода Джеметинского месторождения относится к водам слабосульфидным, маломинерализованным сульфатно-гидрокарбонатно-хлоридного магниево-натриевого состава и рекомендована к использованию в лечебно-питьевых целях и для бальнеолечения (наружное применение) в виде ванн, бассейнов, орошений при соответствующей температуре. Эти месторождения называют еще «Анапской Мацестой», так как по минеральному составу воды близки водам знаменитой Мацесты. С этим месторождением врачи-курортологи связывают большие надежды.

Минеральная вода Бимлюкского месторождения выведена в районе Бимлюка на Пионерском проспекте с глубины 100 м. Содержит закисное двухвалентное железо, повышенное содержание брома. Вода азотная, средней минерализации, бромная, хлоридная, магниево-кальциево-натриевая. Пригодна для внутреннего применения и бальнеолечения.

В районе Цыбановой балки открыты воды с высоким газосодержанием, метановые и азотно-метановые, высокой минерализации и рассольные хлоридно-натриевого состава, бромные йодные, нейтральной реакции, холодные. Для бальнеотерапевтических процедур рассолы разводят до лечебной концентрации примерно вдвое. Морская минеральная вода с минерализацией 17,6 г/л используется для морских ванн, в бассейнах и для других бальнеопроцедур. Анапские рассолы близки по составу водам известковых курортов Нижне-Ивкино, Усть-Качка, Монино, Дорохово.

Источники пресной воды Неберджаевских источников находятся в Крымском районе Краснодарского края, среди невысоких лесистых гор, примерно в 45 км от Анапы. Несколько родников чистой холодной «серебряной» воды являются местом паломничества больных. Народная молва приписывает им высокие целебные свойства, за что источники почитаются святыми, один из них так и называется «Святая рука».